Замечание касается второго способа установки тем/иконок. Если создавать в домашней директории папки .themes и .icons и подкидывать темы туда, то при открытии приложений от рута (например Synaptic) темы не будут подхватываться, и всё великолепие летит в тар-тарары. А вот если темы подкинуть в папки /user/share/themes и /user/share/icons, то темы будут подхватываться всегда.
Делай что должен и будь что будет!