Тут могут быть несколько проблем.
Во первых никогда не настраивайте самбу через гуи, они все кривые. Проверено.
Почитайте
http://help.ubuntu.ru/wiki/samba как настроить руками.
И второе, на диске с NTFS разделом создаются и удаляются папки/файлы? Диск не в рид онли подключен?
Ну и в третьих, под каким пользователем заходите по сети через самбу на расшаренный диск? Если вы туда заходите гостем по умолчанию, то естественно и не даст полный доступ а только рид онли.
Вот похожий по идее случай с NTFS
http://compizomania.54672.x6.nabble.com/ntfs-tp2982.htmlИ как отступление. Очень нежелательно использовать формат NTFS под *nix системы. Это закрытая файловая система которая в *nix очень грузит процессор при обращении к диску.