Для начала необходимо установить правило для udev, по-скольку девайс у вас от Sony, то создаём файл, например android.rules по пути /etc/udev/rules.d/ или таким образом: sudo gedit /etc/udev/rules.d/android.rules, где вместо "gedit" название вашего текстового редактора. В открывшемся редакторе пишем следующие строки:
# Sony
SUBSYSTEM=="usb", ATTR{idVendor}=="0fce", MODE="0660", GROUP="plugdev"
Сохраняем файл и закрываем. После этого распаковываем flashtool в домашнюю директорию.
В последней версии Flashtool файлы прошивок необходимо помещать в директорию .flashTool/firmwares в домашнем каталоге, а директорию firmwares в распакованном flashtool необходимо удалить. Вот собственно и всё.