Не понятно почему, но стали закрываться окна при нажатии Ctrl. В настройках ставил Ctrl+q. Но это было давно уже. Сбросил настройки на дефолтные (Alt+F4). Проверил Unity Tweak Tool, там тоже таких настроек нет. Непонятная проблема, которая не дает нормально работать. Копировать и вставлять не возможно, например.